Lambang ILMAWA adalah lambang yang berbentuk tiga arah sudut, melambangkan Tri Dharma perguruan tinggi. Yaitu: Pendidikan & Pengajaran, Penelitian dan Pengembangan, serta Pengabdian kepada masyarakat. Serta melambangkan hablum minallah, hablum minannas, dan hablum minal ‘alam.
Arti dari lambang pada ayat di atas adalah: a. Bintang sembilan melambangkan Keislaman Ahlusunnah wal jama’ah. Sesuai visi ILMAWA yang berwawasan Ahlusunnah wal jama’ah (Aswaja) dalam bingkai kebhinnekaan. b. Ornamen yang saling berkaitan dan saling mengisi menggambarkan keilmuan Keislaman yang intergrative multidisipliner. c. Kelopak bunga menggambarkan keindahan, kebermanfaatan dan harapan. Sebagai cita-cita institut untuk mencetak alumni yang bermanfaat dan mampu membuat kebaikan dan berkontribusi untuk masyarakat. d. Lambang buku menggambarkan Pendidikan, keilmuan, kreatifitas, inovatif dan visioner. e. Bintang berwarna emas melambangkan kemuliaan f. Gambar dan tulisan berwarna Hijau melambangkan keIslaman dan religiusitas.
